+7 (499) 976-07-48 future-agro.info@yandex.ru
Главная    Новости    Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной микробиологии    В ФГБНУ ВНИИСХМ в рамках работы НЦМУ «Агротехнологии будущего» получена высококачественная сборка генома гороха посевного

В ФГБНУ ВНИИСХМ в рамках работы НЦМУ «Агротехнологии будущего» получена высококачественная сборка генома гороха посевного

2021

В лаборатории генетики растительно-микробных взаимодействий ФГБНУ ВНИИСХМ в рамках работы НЦМУ «Агротехнологии будущего» под руководством к.б.н. Владимира Александровича Жукова получена высококачественная сборка генома гороха посевного (Pisum sativum L.) с использованием комбинирования данных секвенирования второго (Illumina) и третьего поколения (Oxford Nanopore). Секвенирование по технологии Oxford Nanopore, успешно применяемое в лаборатории, позволяет получать длинные и сверхдлинные прочтения, основанные на анализе единичных молекул ДНК, что открывает ранее недоступные возможности для сборки протяжённых растительных геномов. .

Созданная сборка генома гороха сорта Frisson значительно превосходит по полноте и качеству известную сборку генома гороха сорта Cameor, полученную французскими исследователями в 2019 году. Размер сборки генома гороха сорта Frisson – около 3,7 млрд. нуклеотидов, она состоит из 2 252 фрагментов длиной свыше 10 000 нуклеотидов, при этом половина всех собранных фрагментов имеет длину более 5 млн. нуклеотидов. .

Полученная последовательность генома гороха необходима для успешного проведения геномного редактирования, обеспечивая, в частности, точность подбора высокоспецифичных CRISPR-праймеров и снижение нежелательных побочных эффектов. Знание о последовательности генома гороха сделает возможным также проведение масштабных GWAS-исследований, в том числе направленных на поиск маркеров сельскохозяйственно-ценных признаков. Наконец, высококачественная сборка генома гороха станет основой для секвенирования серии геномов представителей рода Pisum для поиска уникальных генов (например, генов устойчивости к патогенам), отсутствующих у современных культурных сортов гороха.